L'histoire de Mujolan commence dès l'époque romaine, puisque le domaine se situe à proximité de la voie Domitienne, l'artère de communication principale de cette époque, zone de trafics et d'échanges commerciaux importants. Une légende dirait même que Mujolan tire son nom d'un certain Mujolanus, romain qui aurait fait parler de lui dans la région. Une chose est certaine, c'est que les terres de Mujolan portaient déjà de la vigne à cette époque.

Puis on retrouve Mujolan au XIIème siècle, date à laquelle est érigé le donjon à la limite de la Gardiole. Cette bâtisse sera la résidence des seigneurs de Fabrègues pendant plusieurs siècles.
Le Château de Mujolan sera racheté au début du XVIIIème siècle par Alexandre Brondel de Roquevaire. L'une de ses descendantes, Sylvie, décide en 1850 de faire construire sur la plaine et au milieu des vignes une ferme modèle qui exploitera la centaine d'hectares de terres.
Ces bâtiments vont prendre le nom de Mas de Mante, plus communément connu sous le nom de Domaine de Mujolan (par opposition au Château de Mujolan).
Composé d'une maison de Maître (23 pièces sur 3 étages) encadrée par la cave d'un côté (85 m) et les écuries de l'autre, ces bâtiments sont aujourd'hui conservés à l'identique depuis cette époque.

En 1900, le jardin, d'inspiration romantique, est créé par un paysagiste anglais qui prendra soin d'y intégrer des essences peu communes dans la région (épicéas, chênes lièges, liquidambars...) associées à d'autres espèces plus fréquentes (pins parasols, néflier, arbousier, chênes blancs...).

Le Domaine va se distinguer dans la seconde partie du XXème siècle par de nombreuses innovations tant à la vigne qu'à la cave. C'est en effet à Mujolan que sont implantés pour la première fois en Languedoc les cépages Merlot et Cabernet Sauvignon, originaires de Bordeaux, ainsi que la Syrah, en provenance des Côtes de Rhône, au début des années 1960.
Cette démarche, favorisant la qualité au profit de la quantité, surprenante à l'époque, a été suivie par l'ensemble de la profession, mais avec 20 ans de retard.
Mujolan a également fait parler de son vin dans les années 70, en le mettant en bouteilles au Domaine, chose très rare dans la région, devenue commune aujourd'hui.
Distingué par de nombreux prix dans les années 1970
, le vin de Mujolan a très tôt contribué à la renommée du Languedoc en France. Dans les années 1980, en optant pour le choix du "Bag-In-Box", Mujolan prend encore une longueur d'avance sur ses voisins en permettant au consommateur de disposer de vin de consommation courante dans un emballage sain et facile d'utilisation.

En 2001, le Domaine de Mujolan est racheté par la famille Boutonnet. Un viticulteur chevronné, un ingénieur agronome-oenologue et un commercial dynamique qui ont su mettre en commun leurs compétences pour redonner un nouvel élan au Domaine.
Depuis cette date, la gamme des vins a été élargie vers le haut, en élaborant des cuvées où le magnifique terroir des Collines de la Moure est mis en valeur : Hymne à la Moure pour le blanc, G'la Moure pour le rosé et Vertige de la Moure en rouge. La Cartagène, les vins de cépages, le « M », sont autant de cuvées qui ont également vu le jour récemment.
Toutes ces cuvées ont été reconnues et récompensées dans différents concours (Vignerons Indépendants, Vinalies, Silènes...) et guides (Hachette, Petit Futé).
Aujourd'hui, les vins du Domaine de Mujolan sont présents dans toute la France, dans quelques pays d'Europe, chez les bons cavistes et bien entendu sur de nombreuses tables de restaurants.